專家簡介: 董建億

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嗨！我是陽明大學榮陽基因體研究中心的助理研究員 董建億，從事基因體相關的技術及資料分析已經有超過十年的經驗，目前主要的工作是微陣列晶片相關的分析及操作，目前也開始著手次世代定序的數據分析，我從早期的分子生物及細體學的研究，到後來基因體技術引進及開發及其後生物資訊學的算演法計設及資料的分析，有許多經驗也了解各領域面臨的困難，歡迎來找我聊聊，我們一起來幫您的困難想想辦法。

專業領域

Genomics, Microarray,Bioinformatics, NGS, Computer programming

學/經歷：

學歷：
國立台灣大學植物系　學士
國立陽明大學微生物暨免疫學研究所　碩士
國立陽明大學微生物暨免疫學研究所   博士
經歷：
陽明大學榮陽基因體中心

  1. 由cDNA庫研發陽明基因體中心第一片 cDNA 生物晶片，主導晶片格式設計、載體設計及量產評估。
  2. 開發設計適用於高歧異度資料之基因組分析演算法(eGSA)，解決癌症基因體研究面臨高歧異度的問題。
  3. 提供基因體中心合作研究人員微陣列晶片資料分析服務，服務內容包括統計分析(R, Partek, TM4 MeV)，調控網路(Ingenuity, Cytoscape)及功能註解。
  4. 微陣列晶片基礎資料處理、基因組分析及基因網路分析。
  5. 提供基因中心合作研究人員微陣列及次世代定序資料分析服務，目前合作案例包括癌症標幟，SNP分析，遺傳疾病致病突變，自體突變偵測，基因選擇性剪接分析，微生物菌相分析。
  6. 研發調節事件基因集分析演法(Regulatory Event-based Gene Set Analysis)，解決癌症臨床研究之高度歧異度問題，並以Ｒ語言開發eGSA微陣列晶片分析之軟體套件，eGSA-R。
  7. 研發高速序列比對演算法（hcMSA），解決Metagenome 研究，大規模多序列比對之技術瓶頸，並以此核心技術，以 C# 語言開發分析軟體 微生物同源序列自動分析軟體平台（Orthologous Sequence Variation Analysis System，OSVAS）。
  8. 以跨平台JAVA程式語言開發Genome Analyst GUI workflow system，提供軟體封裝技術，將各種基因體分析軟體統合JAVA、R、Python、Web-based 工具於同一圖像化操作界面下，打破生物資訊分析技術門檻，使非資訊相關人員無需程式基礎，就可以使用先進分析軟體。

專長：

細胞培養及分子生物技術:
細胞培養相關操作，一般分生操作(DNA/RNA isolation、cloning、PCR、RT、real-time quantitative PCR、Southern blot…), 高通量技術操作( liquid handling、array spotting、automated pipeline)，基本顯微鏡術(Immune florescence staining、microscope operation)。

基因體學技術
基因表達序列分析法(SAGE)，微陣列晶片設計、生產及實驗操作，各種商用晶片平台及次世代定序分析。

生物資訊技術
微陣列晶片及次世代定序資料分析：資料前處理、品質分析及統計分析，基因功能註解及基因組豐度分析。多重序列比對分析(Multiple Sequence Alignment)，引子及探針序列設計及演算法開發。

程式語言及開發軟體
R：event-based Gene Set Analysis Package
C#: Orthologous Sequence Variation Analysis System Ver. 1
JAVA:
1. Orthologous Sequence Variation Analysis System Ver. 2
2. Genome Analyst GUI Workflow System
Other language skill: PHP, SQL, VB and VBA

研究成果：

  1. Gelfanov, Y.G. Lai, V. Gelfanova, J.Y. Dong, J.P. Su and N.S. Liao Differential requirement of CD28 costimulation for activation of murine CD8+ intestinal intraepithelial lymphocyte subsets and lymph node cells. J Immunol  155. 76-82. 1995.
  2. Y. Tung, W.N. Lian, Y.J. Chen, C.H. Lin., Changes of transcriptome profiles during hepatic differentiation. poster in 9th HUGO’s Human Genome Meeting, Shanghai, China, 2002.
  3. Y. Tung, C.H. Lin, 功能基因體, 分子檢驗, 303-346, 2003.
  1. Y. Tung, H.F. Haung, W.N. Lian, H.W. Wong, C.H. Lin., Dynamic analyses of gene expression profiles during hepatic differentiation. poster in 11th HUGO’s Human Genome Meeting, Kyoto, Japan, 2005.
  2. H. Jen, T.P. Yang, C.Y. Tung, S.H. Su, C.H. Lin, M.T. Hsu and H.W. Wang, Signature Evaluation Tool (SET): a Java-based tool to evaluate and visualize the sample discrimination abilities of gene expression signatures. BMC Bioinformatics. 2008; 9: 58.
  3. Y. Tung, C.H. Jen, M.T. Hsu, H.W. Wang and C.H. Lin, A novel regulatory event-based gene set analysis method for exploring global functional changes in heterogeneous genomic data sets. BMC Genomics 2009, 10:26.
  4. C Cheng, C.F. Chen, Y.J. Jong, Y. Tung, Y.J. Chen, W.W. Sheng, L.H. Li, S.F. Tsai, M.H. Tsou, Skye H. Cheng, C.M. Chen, Andrew T. Huang, C.H. Lin, M.T. Hsu. (2011) Comparison of genome aberrations between early-onset and late-onset breast cancer. Breast Cancer Cells / Book 5″, ISBN , 979-953-307-184-7
  5. H. Wang, T.H. Hsieh, S.Y. Huang, G.Y. Chau, C.Y. Tung, C.W. Su, J.C. Wu, Forfeited hepatogenesis program and increased embryonic stem cell traits in young hepatocellular carcinoma (HCC) comparing to elderly HCC. BMC Genomics. 2013 Oct 26;14:736.
  6. S. Hsu, C.Y. Tung, C.Y. Yang, C.H. Lin, Response to Stress in Early Tumor Colonization Modulates Switching of CD133-Positive and CD133-Negative Subpopulations in a Human Metastatic Colon Cancer Cell Line, SW620. PLoS One. 2013;8(4):e61133.
  7. Y.Yang, R.H. Lu, C.H. Lin, C.H. Jen, C.Y. Tung, S.H. Yang,J.K. Lin, J.K. Jiang , C.H. Lin. Single nucleotide polymorphisms associated with colorectal cancer susceptibility and loss of heterozygosity in a Taiwanese population. PLoS One. 2014 Jun 26;9(6):e100060.
  8. C. Liang, C.Y. Yang, J.Y. Tseng, H.L. Wang, C.Y. Tung, H.W. Liu, C.Y. Chen, Y.C. Yeh, T.Y. Chou, M.H. Yang, J. Whang-Peng, C.H. Lin.ABCG2 Localizes to the Nucleus and Modulates CDH1 Expression in Lung Cancer Cells. Neoplasia. 2015 Mar;17(3):265-78.

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