為了避免不必要的浪費，本中心強烈建議申請者自行檢測RNA品質，RNA品質是晶片分析數正確性最大的影響因子之一，錯誤的數據比沒有數據更令人頭痛。 本中心要求申請人至少完成兩項測試（純度：OD260/28 […]
Lucas
Ingenuity公司（http://www.ingenuity.com/）系統性的整理科學文獻，將文獻中的研究內容以統一的格式，儲存在資料庫中，並開發 Ingenuity Pathway Analy […]
知識資料庫軟體 Ingenuity Pathway Analysis
如果說你問我 各種Microarray 分析中，最困難的是什麼，我會說是 基因網絡分析(Gene network analysis)。這裡基因網絡分析的定義是：研究基因之間交互作用，以及其協同進行生物 […]
淺談基因網絡分析(Gene network analysis)
今天為了圖示了一些數據，寫了一小段VBA的CODE，用了一下覺得蠻好用的，貼上來給大家參考一下。 用這個巨集就可以用EXCEL 來做 Heatmap，當然你也可以修改IF 條件式，加上自己的顏色定義邏 […]
Microarray VBA 隨手寫用EXCEL 畫 heatmap
提到 Microarray 的數值分析，就不能不提 R 這個統計軟體，在這個領域中，他的地位就像是在生物統計中的SPSS一樣，絕大多數新開發的演算法，幾乎都可以找到以R 程碼編輯的分析套件（packa […]
如何在 EXCEL 中執行 R 程序及做 BOX plot
在統計上用來區分兩群族有無差異,常用的方法是 t-test 之類的方法, t-test 的原理是用觀察兩群樣本的分布來作判定是否有差異,而為了顯現族群的分布,適當的取樣是必需的(至少上百個sample […]
Microarray: 如何讓 limma 使用 Tab delimited text table 計算 p ...
如果你想把從 Affymetrix 下載回來的註解檔 例如 (HG-U133P2) 倒入 MySQL 中, 進一步的利用。你可能會遇到幾個問題，例如欄位格式要怎麼設，單筆資料會超過 MySQL 的限制 […]
Microarray: 把 Affyxmetrix annotation import 到 MySQL
如果你手上有一個神奇基因清單，你想問一下有沒有神奇Pathway在裡面，首先你必需知道有多少基因被註解在已知的生物途徑中，最簡單的方法是用 [DAVID]。DAVID 內建 ID 轉換的功能，支持大部 […]