DOC_ID : T15-0002
 

PICRUSt2 module : 

DOC_ID : M22-3000
Editor : Anita
Reviewer :Angela

Function :

PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States) is a software for predicting functional abundances based only on marker gene sequences.

This module contains many steps :

1. sequence placement :Place ASV reads into reference tree.
   • .fasta ⇒ out.tre 
   • .fasta ⇒ intermediate/place_seqs/epa_out
   • .fasta ⇒ intermediate/place_seqs/query_align.stockholm
   • .fasta ⇒ intermediate/place_seqs/ref_seqs_hmmalign.fasta
   • .fasta ⇒ intermediate/place_seqs/study_seqs_hmmalign.fasta
2. hidden-state prediction of genomes :
   • Hidden-state prediction of ASV gene families
     • 16S + out.tre ⇒ marker_predicted_and_nsti.tsv.gz
   • Hidden-state prediction of ASV gene families restrict to the EC number database
     • EC + out.tre ⇒ EC_predicted.tsv.gz
   • Hidden-state prediction of ASV gene families restrict to the KO number database 
     • KO + out.tre ⇒ KO_predicted.tsv.gz
3. metagenome prediction :
   • Generate EC_metagenome predictions
     • feature-table.biom + marker_predicted_and_nsti.tsv.gz + EC_predicted.tsv.gz ⇒ EC_metagenome_out
   • Add EC_metagenome functional description
     • pred_metagenome_unstrat.tsv.gz + EC ⇒ pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv.gz
   • Generate KO_metagenome predictions
     • feature-table.biom + marker_predicted_and_nsti.tsv.gz + KO_predicted.tsv.gz ⇒ KO_metagenome_out
   • Add KO_metagenome functional descriptions
     • pred_metagenome_unstrat.tsv.gz + KO ⇒ pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv.gz
4. pathway-level predictions :
   • Pathway-level inference
     • pred_metagenome_contrib.tsv.gz ⇒ EC_pathways_out  
     • pred_metagenome_contrib.tsv.gz ⇒ EC_pathways_out/EC_pathways_working
   • Add EC_pathway functional descriptions
     • path_abun_unstrat.tsv.gz + METACYC ⇒ path_abun_unstrat_descrip.tsv.gz

Ref : https://github.com/picrust/picrust2/wiki

Installation :

All software are included in GA environment. 

Note :

►執行分析前請先利用CreateProject.sh創建一個專案資料夾，請參閱Project standard folder structure文件。

►執行模組需確認所屬計算節點(–partition) : 一般節點的使用者建議使用ct56 ; 生醫節點的使用者建議使用ngs48G^註1。

►欲了解模組使用的方式，請執行模組的 -h 指令
 

#註1 : 欲確認使用者身分，請登入國網中心iService後，選取會員中心/計畫管理/我的計畫，若計畫名稱為”國家生醫數位資料與分析運算雲端服務平台III”即為生醫節點使用者

Description :

Usage :

The following explains the usage of module parameters :