軟體套件 (Application collection)

Doc_ID: A11-1000
Editor: Hsu
Reviewer:  Lucas

我們使用 Conda程式建立及管理分析環境和軟體，您必須先安裝Conda 軟體，且在自己的Home目錄建立GA bundle連結 ， 並取得GA bundle使用權限。目前在國網中心台灣杉三號主機 (Taiwania III) 上，我們已完成相關資料夾的建置，使用者可以直接使用。


GA bundle套件的各版本中軟體清單如下表列。

Application bundle name

Editor

Software list

Tested Pipeline

GApp0.0.0.2 Angela

bwa samtools sambamba  delly  cnvkit  gatk4  picard  bcftools  bedtools  fastp fastqc  igv  multiqc  qualimap  trimmomatic rclon  star  bowtie  bowtie2  rsem  bioconductor-deseq2  bioconductor-edger  stringtie  hisat2  r-monocle3  r-seurat  trinity sratoolkit

•GATK-Genome_Variant_Calling
•Raw Read Quality Check

•RSEM-RNAseq_Analysis

•Single_Cell_Gene_Expression_Analysis

GAQM20.0.0.2

Anita

qiime2-2021.8

•QIIME2-Microbiota_Analysis

GAPC20.0.0.1

Anita

picrust2 2.3.0_b

•QIIME2-Microbiota_Analysis