DOC_ID : T15-0002
 

QIIME2_DA module :

DOC_ID : M21-3000
Editor : Anita
Reviewer :Angela

Function :

QIIME DA module perform phylogenetic diversity, Alpha and beta diversity analysis. The detail function and output file list below:

1. Phylogenetic diversity analyses :generating and manipulating phylogenetic trees using fasttree and mafft alignment. The output will be applied to alpha/beta analysis.
   • rep-seqs_dada2.qza ⇒ aligned-rep-seqs.qza
   • aligned-rep-seqs.qza ⇒ masked-aligned-rep-seqs.qza
   • masked-aligned-rep-seqs.qza ⇒ unrooted-tree.qza
   • unrooted-tree.qza ⇒ rooted-tree.qza
      
2. beta diversity analysis :
   • Generate core-metrics-phylogenetic (core-metrics-results)
   • Test for associations between categorical metadata columns and alpha diversity data (Faith Phylogenetic Diversity and Evenness metrics)
     • Faith Phylogenetic Diversity(a measure of community richness) : faith_pd_vector.qza ⇒ faith-pd-group-significance.qzv
     • Evenness metrics : evenness_vector.qza ⇒ evenness-group-significance.qzv
        
3. Alpha rarefaction plotting : 
   • Explore alpha diversity as a function of sampling depth using the visualizer
     • table_dada2.qza + rooted-tree.qza ⇒ alpha-rarefaction.qzv
        
4. Alpha diversity indices : 
   • Create alpha diversity from aligned reads
     • table_dada2.qza ⇒ *.qza ⇒ *.qzv (the indices including simpson、chao1、shannon、ace、observed_otus、simpson_e、margalef、chao1_ci、robbins、mcintosh_d、pielou_e、mcintosh_e、lladser_pe、menhinick、kempton_taylor_q、lladser_ci、 osd、goods_coverage、esty_ci、brillouin_d、strong、enspie、michaelis_menten_fit、berger_parker_d、fisher_alpha、heip_e、dominance、singles、gini_index、doubles)
        
5. BIOM table : 
   • Generate intermediate data format for downstream analysis
     • table_dada2.qza ⇒ feature-table.biom ⇒ feature-table.tsv
        

Ref : https://docs.qiime2.org/2021.8/tutorials/overview/

Installation :

All software are included in GA environment. 

Note :

►執行分析前請先利用CreateProject.sh創建一個專案資料夾，請參閱Project standard folder structure文件。

►執行模組需確認所屬計算節點(–partition) : 一般節點的使用者建議使用ct56 ; 生醫節點的使用者建議使用ngs24G^註1。

►欲了解模組使用的方式，請執行模組的 -h 指令
 

#註1 : 欲確認使用者身分，請登入國網中心iService後，選取會員中心/計畫管理/我的計畫，若計畫名稱為”國家生醫數位資料與分析運算雲端服務平台III”即為生醫節點使用者

Description :

Usage :

The following explains the usage of module parameters :