DOC_ID : T15-0002

QC_dnaBamQC module :

DOC_ID : M54-3000
Editor : Anita
Reviewer :Angela

Function :

對輸入文件進行計算每種FLAG類型的比對次數，並將統計信息打印到stdout。主要根據FLAG字段中的位標誌提供13個類別中每個類別的計數。有關標誌含義的信息在SAM規範文檔< https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf >中提供。

All software are included in GA environment.

►執行分析前請先利用CreateProject.sh創建一個專案資料夾，請參閱Project standard folder structure文件。

►執行模組需確認所屬計算節點(–partition) : 一般節點的使用者建議使用ct56 ; 生醫節點的使用者建議使用ngs24G^註1。

►欲了解模組使用的方式，請執行模組的 -h 指令

#註1 : 欲確認使用者身分，請登入國網中心iService後，選取會員中心/計畫管理/我的計畫，若計畫名稱為”國家生醫數位資料與分析運算雲端服務平台III”即為生醫節點使用者

Tested environment	GApp0.0.0.2
Software version	samtools=1.10
Usage(Slurm)	Command in Slurm (Taiwania III) `sbatch -A $projectID --mail-user=$email --export='projDir='$(pwd)'/,sampleName=Sample01' modules/QC_dnaBamQC.sh`
Usage(Linux console)	Command in linux console `bash modules/QC_dnaBamQC.sh -p $(pwd) -s Sample01`
#For Slurm operation, please refer to “Basic operation of Taiwania III“

The following explains the usage of module parameters :

Parameter	Description	Remark
QC_dnaBamQC.sh	module of check bam file quality	分析的模組需存放在[modules]資料夾中
projDir	分析專案的資料夾路徑（專案資料夾結構說明）	Script需在分析專案的資料夾執行， $(pwd) 會傳回使用者現在所在的路徑
sampleName	欲執行分析及輸出 QC 報告的檔案名稱 :資料格式 (輸入): .bam資料格式 (輸出): .dnabamqc資料路徑 : processed/ 和 QC/	例如: sampleName=Sample01 會讀取processed/資料夾裡的Sample01_bqsr.bam會在QC/資料夾生成 Sample01.dnabamqc