Module-RNA_bamQC

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DOC_ID : T15-0002

QC_rnaBamQC module : 

DOC_ID : M49-3000
Editor : Mira
Review : Angela

Function :

Picard-CollectRnaSeqMetrics為一個java工具程式，可以計算RNA seq 的bam檔裡reads分佈的情形，包括RIBOSOMAL_BASES, CODING_BASES, UTR_BASES, INTRONIC_BASES, INTERGENIC_BASES以及5PRIME_TO_3PRIME_BIAS等等。這些計算需要提供基因位置以及rRNA位置的訊息，分別是ref_flat file以及 ribosomal intervals file，相關檔案建立方式可參考HowTo。

To perform RNA-seq QC analysis use the following command :

java -jar picard.jar CollectRnaSeqMetrics \
      I=input.bam \
      O=output.RNA_Metrics \
      REF_FLAT=ref_flat.txt \
      STRAND=SECOND_READ_TRANSCRIPTION_STRAND \
      RIBOSOMAL_INTERVALS=ribosomal.interval_list

Installation :

All software are included in GA environment. 

Note :

►執行分析前請先利用CreateProject.sh創建一個專案資料夾，請參閱Project standard folder structure文件。

►執行模組需確認所屬計算節點(–partition) : 一般節點的使用者建議使用ct56 ; 生醫節點的使用者建議使用ngs48G註1。

►欲了解模組使用的方式，請執行模組的 -h 指令
 

#註1 : 欲確認使用者身分，請登入國網中心iService後，選取會員中心/計畫管理/我的計畫，若計畫名稱為”國家生醫數位資料與分析運算雲端服務平台III”即為生醫節點使用者

Description :

Tested environmentGApp0.0.0.2
software versionpicard=2.23.4
Usage(Slurm)Command in Slurm
sbatch -A $projectID --mail-user=$email --export='projDir='$(pwd)'/,sampleName=Sample1,gtfName=refs/Homo_sapiens/GRCh38en104Star2.7.5a/Homo_sapiens.GRCh38.104.gtf,refs=refs/Homo_sapiens/GRCh38en104Star2.7.5a/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa' modules/QC_rnaBamQC.sh
Usage(Linux console)Command in linux console
bash modules/QC_rnaBamQC.sh -p $(pwd) -s Sample1 -g refs/Homo_sapiens/GRCh38en104Star2.7.5a/Homo_sapiens.GRCh38.104.gtf -r refs/Homo_sapiens/GRCh38en104Star2.7.5a/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa
#For Slurm operation , please refer to “Basic operation of Taiwania III“

Usage :

The following explains the usage of module parameters :

Parameter DescriptionRemark
QC_rnaBamQC.shModule of Bam file QC分析的模組需存放在[modules]資料夾中
projDir分析專案的資料夾路徑（專案資料夾結構說明）Script 需在分析專案的資料夾執行， $(pwd) 會傳回使用者現在所在的路徑
refs欲進行比對的reference fasta檔案名稱 :資料格式 :  *.fa
資料路徑 : refs/		例如:refs/Homo_sapiens/GRCh38en104Star2.7.5a/Homo_sapiens.GRCh38.fa 會在 refs/Homo_sapiens/GRCh38en104Star2.7.5a/ 讀取 Homo_sapiens.GRCh38.fa
sampleName欲執行分析的檔案名稱 :資料格式 :  *Aligned.sortedByCoord.out.bam
資料路徑 : processed/
輸出資料路徑 : QC/		例如: sampleName = Sample1會在 processed/ 讀取 
Sample1Aligned.sortedByCoord.out.bam會在 QC/生成Sample1.rnabamqc
gtfName欲進行比對的gtf.refflat和gtf.rRNA.refflat檔案名稱 :資料格式 :  *.gtf
資料路徑 : refs/		例如: gtfName = refs/Homo_sapiens/GRCh38en104Star2.7.5a/Homo_sapiens.GRCh38.104.gtf 會在 refs/Homo_sapiens/GRCh38en104Star2.7.5a/ 讀取 Homo_sapiens.GRCh38.104.gtf.refflat/Homo_sapiens.GRCh38.104.gtf.refflat
Homo_sapiens.GRCh38.104.gtf.refflat/Homo_sapiens.GRCh38.104.gtf.rRNA.refflat

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