專家簡介: 楊永正

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新世代定序等高通量實驗只是「技術」，想要做轉譯(translation)，或推動精準醫學，重要的是「解讀」觀察到的現象。在資料量越來越大的現在，生物資訊分析只是協助我們分析數據的「工具」。巧妙地運用這些工具，例如整合各種數據，註解各種基因，借助機器學習，或利用視覺化的工具輔助結果分析，可以協助我們解讀整理好的資訊。

解讀實驗數據是許多同學覺得困難之處，例如觀察到協同作用(synergy)後，接下來究竟該怎麼做，才能瞭解產生協同作用的機制，合作現象(cooperativity)只是一種方法而已。由核酸與蛋白質，或蛋白質與蛋白質交互作用可以理解反應的規律，例如利用正迴饋的機制，可以在短時間內放大訊號，產生快速的反應。以這些規則為基礎，可以再進一步探究哪些反應會連接在一起形成模組，例如怎樣的線路可以在兩個不同的狀態間切換。透過比較代謝路徑、訊息傳導路徑、轉錄調控等巨分子合成的路徑，可以找到許多調控的模組。知道的模組越多，就越能推測在現象背後的反應機制。例如瞬間的(transient)訊號如何啟動細胞分化?如何維持分化的不可逆性? 這些知識有助於我們猜測未知系統的機制，也有助於我們瞭解疾病的成因，發展臨床上的應用。

研究領域：

  • 生醫資訊整合
  • 個人化醫療資訊分析
  • 反應路徑分析
  • 致病基因與致病機制之生物資訊分析

學/經歷：

  • 美國普林斯頓大學分子生物學系博士
  • 美國耶魯大學化學系博士後研究

專長 (曾開過之主要課程)：

  • 轉譯生醫資訊學
  • 雲端運算與生醫資訊實務
  • 生物調控原理
  • 基因體分析技術
  • 高等生物資訊學

研究成果：

代表性著作

  1. Wu CT, Chiou CY, Chiu HC, Yang UC* (2013) Fine-tuning of microRNA-mediated repression of mRNA by splicing-regulated and highly repressive microRNA recognition element. BMC Genomics. 14:438.
  2. Huang, Y.H., Wu, H.Y., Wu, K.M., Liu, T.T., Liou, R.F., Tsai, S.F., Shiao, M.S., Ho, L.T., Tzean, S.S. and Yang, U.C*. (2013) Generation and analysis of the expressed sequence tags from the mycelium of Ganoderma lucidum. PLoS One, 8, e61127.
  3. Liou JM, Chen CC, Chen MJ, Chen CC, Chang CY, Fang YJ, Lee JY, Hsu SJ, Luo JC, Chang WH, Hsu YC, Tseng CH, Tseng PH, Wang HP, Yang UC, Shun CT, Lin JT, Lee YC, Wu MS, Taiwan Helicobacter Consortium. (2013) Sequential versus triple therapy for the first-line treatment of Helicobacter pylori: a multicentre, open-label, randomised trial. Lancet. 381(9862):205-13.
  4. Hsu CL, Yang UC*. (2012) Discovering pathway cross-talks based on functional relations between pathways. BMC Genomics. 13 Suppl 7:S25.
  5. Wang YT, Huang YH, Chen YC, Hsu CL, Yang UC*. (2010) PINT: Pathway Integration Tool. Nucleic Acids Res. 38 Suppl W124-131. (Featured article, – top 5% paper of the year)

學生得獎報告

  1. Chang YC, Li MJ, Yang UC（2015）. Integrating bio- and clinical data by using the global unique identifier。Joint Conference Medical Information in Taiwan，Taoyuan City, Taiwan. (conference paper – best Paper Award)。
  2. Chen GD, Chiou JY, Huang YH, Yang UC（2015）Systematic comparison of predicted and ChIP-seq Determined Transcription Binding Sites for c-Myc protein.  The 30th Joint Annual Conference of Biomedical Science，Taipei, Taiwan. (conference abstract – oral presentation award)
  3. Hsu CY, Chiou JY, Huang YH, Yang UC（2015） Comparative analysis of virulence factor in strain specific disease of Helicobacter pylori: CagA。The 30th Joint Annual Conference of Biomedical Science，Taipei, Taiwan. (conference abstract – oral presentation award)
  4. Lu CY, Tsai YS, Huang YH, Yang UC（2015）Systematic evaluation of the reproducibility of LINCS data. The 30th Joint Annual Conference of Biomedical Science，Taipei, Taiwan. (conference abstract – oral presentation award)
  5. Li MJ, Liu YC, Wu WM, Liou DM and Yang UC*. (2013) An Image Core Compatible Anonymous Clinical Image System. Joint Conference on Medical Informatics in Taiwan (conference paper – best paper award in the category of medical informatics)
  6. Wu WM, Tsai YS, Lu YH, Chen CH and Yang UC*. (2013) Design and Conduct Randomized Clinical Trials with the Clinical Study Information System. Joint Conference on Medical Informatics in Taiwan (conference paper – best paper award in the category of clinical decision support and expert systems)
  7. Lee CH, Chen KY, Chang NW, Chen CT and Yang UC*. (2011) Integrating sample bank information with high throughput data. Joint Conference on Medical Informatics in Taiwan (conference paper – best paper award)

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