Background
RNAseq (RNA sequencing) ，透過次世代定序 (NGS) 可以對樣品中RNA做高通量定序，由於基因轉錄出來的RNA片段，與定序產出的read數成正比，因此基因序列數量(read count)，可用來代表該基因的表現量。RNAseq除了可用於量測基因表現量外，還可從RNAseq資料獲取其他轉錄體資訊。更高的定序量及 Paired-End 定序方式可更準確深入探討到 transcripts 層級的基因表現 (Alternative Splicing post-transcriptional modifications, gene fusion, mutations/SNPs 等)，亦可偵測 small RNA (如 miRNA, tRNA)，Non-coding RNA (如 LncRNA)之表現狀態，完整分析轉錄過程中基因表現的狀況。 除此之外 ， 近年的RNAseq還包含了single cell sequencing 及組織中的 in situ sequencing。
次世代定序所產生龐大的資料量，經過一連串的數據處理跟統計分析後，再利用軟體輕鬆繪製PCA，Heatmap及Volcano plot 等圖，得以協助我們快速找尋實驗中的差異表現基因 (Differential Expression Genes, DEG)，進而獲得基因表現及功能註解 ， 研究者可藉由基因差異表現在生物體中之意義進行實際的實驗探討。