為了避免不必要的浪費，本中心強烈建議申請者自行檢測RNA品質，RNA品質是晶片分析正確性最大的影響因子之一，錯誤的數據比沒有數據更令人頭痛。 本中心要求申請人至少完成兩項測試（純度：OD260/280 measurement, 完整性：Electrophoresis or Bioanalyzer test），本中心 亦會進行重複測試，並依據以下標準判定RNA的品質：

1. RNA 純度

RNA 在純化過程中，容易受到DNA、 蛋白質及有機溶劑的影響，這些殘存物將會影響往後的操作。光譜分析利用物質對不同波長光的吸收度的不同，可以鑑別出溶液純度及濃度。本中心會對RNA樣品作OD measurement 純度檢測，同時也要求申請人在送件前自行檢測，本中心QC的標準如下圖所示。

2. RNA 完整性

除了純度以外，RNA的完整性也是非常的重要，自然界無所不在的 RNase，使 RNA 保存相當不易，在運送及保存的過程中如果遭受污染，RNA會很快的遭分解破壞，為了確保實驗的數據不受影響，本中心會對RNA樣品作完整性的檢測，同時也要求申請人 在送件前自行檢測。目前本中心的做法有兩種，1）電泳法，2）流式晶片 (2100 Bioanalyzer), 其標準如下。

 Integrity test by electrophoresis

取1.5ug RNA 跑 denature electrophoresis, RNA 應出現清楚的兩條Band (28S/18S rRNA), 有時會有第三條Band(5S rRNA), 最上方不可出現DNA污染（見Lane 4)，28S/18S 應近似兩倍。

 Integrity test by Bioanalyzer

傳統的 Denature electrophoresis 可以清楚分析 RNA 的完整性，然而最大的問題是需要 1.5 ug RNA, 對於許多珍貴臨床樣品往往經不起這樣的消耗，而微流晶片技術（2100 Bioanalyzer, agilent inc.)可以改善這樣的問題， 利用微型化使樣品需求降到 25ng, 本中心採用此技術進行RNA完整性分析，如同傳統電泳，除 28S,18S 外不應有其它峰值，28S/18S應在1.8-2.1之間。