GA bundle

Doc_ID: GA-0002RS1
Editor: Lucas

GA系統資源套件（GA_bundle）是GA系統運作時會使用到的程式及檔案集，包括了一些中心開發或引進的分析軟體（Apps），以Bash腳本為主的分析程式模組（Modules），基因體分析所需的參考資料庫（Reference）及用作測試的資料集（DemoData)，資源套件有版本制度，分析過程使用的版本都會記錄保留，以確保未來資料重新計算時的一致性。

Module

由團隊針對常見分析需求建置的軟體分析模組，所有分析模組設計與GA系統規範相容，並且在GA相容計算環境中，以GA data set 測試過，分析人員可以參考基因體分析知識庫中範本，使用這些模組組裝自己的分析專案。

DemoData

軟體模組發佈前會以固定的資料檔案測試，這些測試資料可由GA_bundle中取得。

References

基因體分析工具常需要參考基因體序列(Genome references)資料庫，目前已將常用的基因體序列庫建置在台灣杉伺服器，部份基因體序列需要額外的註解及引索，本中心將負責後續的維護。

For Transcriptome

Homo sapiens

• Genome Reference:GRCh38en104Star2.7.5a
• Genome Reference:GRCh38en102Star2.7.5a
• Genome Reference:GRCh38en94Star2.7.5a

Mus_musculus

• Genome Reference:GRCm39en104Star2.7.5a
• Genome Reference:GRCm38en101Star2.7.5a

For GATK

• Genome Reference: GATK bundle Mutect2
• Genome Reference: GATK bundle hg38
• Genome Reference: GATK bundle hg19
• Genome Reference: GATK bundle b37

For annovar

• Genome Reference: ANNOVAR hg38
• Genome Reference: ANNOVAR hg19

For SnpEff

• Genome Reference: SnpEff GRCm38.99
• Genome Reference: SnpEff GRCh38.99
• Genome Reference: SnpEff GRCh37.87

For SnpSift

• Genome Reference: dbNSFP4.1a

For SnpSift

• Genome Reference: dbNSFP4.1a

For QIIME2

• Genome Reference:NCBIBioProj33317scikit0.24.1
• Genome Reference:NCBIBioProj33175scikit0.24.1
• Genome Reference:RDPtraset18scikit0.24.1
• Genome Reference:Greengenes138NBscikit0.24.1
• Genome Reference:Silva138NBscikit0.24.1

Apps

在Apps 的目錄下會放由社群開發者開發的分析工具軟體，這些軟體大多可以下載免費使用，但軟體著作權及商業使用的權利仍歸屬原作者 。