常見問題
About sample preparation and quality check
1. 請問核心實驗室是否接受RNA以外的樣品送件?
答:對不起,目前核心實驗室並沒有足夠的操作能量,可以接受RNA以外的樣品(例如:冷凍組織及臘塊)。RNA抽取的方法及產量歧異性非常的大,核心實驗室並沒有一個可以適用於所有樣品的程序,可以確定得到最佳效果,我們認為,我們不會比申請人更了解樣品的特性,同時也沒有足夠的時間及人力針對每一個樣品去嘗試。所以在現階段的作業中,我們並不接受RNA以外的樣品。
2. 如何判定RNA的品質是否合格?
答:請參閱RNA品質分析。
3. 血液中含有多少白血球?可抽出多少DNA、RNA和protein?
答:全血可分為血漿與血球兩部分,各佔血液的55%與45%。血球又可分為紅血球(RBC)、白血球(WBC),與血小板,其所佔比例為500:1:30。血液中WBC的數量會隨年齡、性別等生理狀態而異,正常成人的WBC參考數值為4500~11000/ml,2歲以前之孩童的WBC參考數值則為5000~13000/ml。全血中所含有DNA含量為30~60 mg/ml blood (6 pg/cell),RNA含量為1~5 mg/ml blood,plasma protein含量為60~80 mg/ml blood。DNA純化方式可利用QIAGEN之QIAamp DNA Blood Mini Kit,產量約為4~12 mg DNA/200ml healthy whole blood,RNA純化方式可利用QIAGEN之QIAamp RNA Blood Mini Kit,產量約為1~5 mg RNA /ml healthy whole blood。
參考文獻
1. 何敏夫編著,血液學第三版,血液常規檢查,2002,p583-616
2. http://www1.qiagen.com/
4. 106 cells可抽到多少RNA?可做多少cDNA?
答:106 cells可抽到10~35μg total RNA,如:NIH/3T3可抽取到10μg total RNA,Hela可抽取到15μg total RNA,COS-7可抽取到35μg total RNA,LMH可抽取到12μg total RNA,Huh可抽取到15μg total RNA;至於可轉成多少cDNA,得依基因在細胞中的表現情況而定,如:Abundant(GAPD、β-Actin…)為100~1000 copies/cell,Intermediate(如:Translocation factors)為10~100 copies,Rare(如:TNF、M-CSF)為<10 copies/cell。以NIH/3T3為例106 cells可有7*108~7*109 copies的GAPD、7*107~7*108 copies的translocation factors、7*106 copies的TNF。
About affymetrix genechip service
1. 什麼是Test Chip?
答:Test是集合了許多物種的house keeping gene的小型chips,用途是在確認 RNA的品質以及樣品處理時有無瑕玼。因為晶片成本很高,我們希望每一次都能有最好的結果,然而許多樣品或操作上的問題,必須要在實驗後掃描才會發現,然而那時已無法挽救了,因此,這時我們會建議先以成本較低的test chip 測試,若test chip結果正確,再進行正式實驗。本中心使用任何一種chip時,皆可以額外申請使用test chip,僅需負擔chip成本價格。
2. 我知道我的RNA很爛,可是我非做不可!
答:有時樣品取得非常困難,而且品質上無法達到要求,這一點我們可以完全理解!這時我們會建議您跑一片test chip,測試從樣品取得數據的可行性,再做決定。
3. 我想做的chip沒有在服務的項目之中?
答:只要是eukaryotic expression的chip,我們都可以處理,我們也可以為您代訂,不過因為量少,所以在晶片成本上會高出很多,因此請連絡我們,我們會為您詢價,再告知可能的服務方法及價格。
About real-time quantitative PCR service
1. 請問委託單位是如何定義?
答:由於本實驗室使用的是384well plate,因此有些實驗耗材及人工成本是以384反應為單位,亦即每一次不論1~384個反應均需使用一片封膜跟一個384well plate,所以理論上需以384個反應為一個計費單位(國家型計畫SYBR Green應為NT$1080),但考量到客戶的成本負擔,因此以192個反應為一個計費單位(國家型計畫SYBR Green應為NT$540);所以總反應數除以192尾數無條件進位至整數,即為委託單位。
舉例來說:
100個反應==委託單位為1
192個反應==委託單位為1
193個反應==委託單位為2
384個反應==委託單位為2
385個反應==委託單位為3
2. 進行Q-PCR需要多少RNA?
答:進行Q-PCR需要10~100 ng RNA/reaction。
參考資料來源:
1. QIAGEN catalog-Rneasy Mini Handbook, OneStep RT-PCR Kit Handbook。