鍾翊方老師實驗室主要進行深度學習於生醫資料分析。例如:引入不同深度學習作法於生醫影像分析; 另外，也將運用深度學習作法於進行藥物基因體學(pharmacogenomics)的分析，其特質在於轉化/運用不同類型的癌症基因體數據(如基因表現、基因變異、拷貝數變異等)、藥物的化學/分子指紋(chemical/molecular fingerprints)及癌症細胞的藥物反應資訊，進而可為不同類型癌症(亞型)找到可運用的藥物。 研究領域： Medical Image Analysis, Drug Repositioning, Bioinformatics 學歷： 國立交通大學電機與控制工程博士 國立交通大學電機與控制工程碩士 經歷： 國立陽明交通大學生物醫學資訊研究所教授 國立陽明大學生物醫學資訊研究所教授 國立陽明大學生物醫學資訊研究所副教授 國立陽明大學生物醫學資訊研究所助理教授 專長： 機器學習與資料探勘 生物資訊學 深度學習 研究成果： Y. S. Tsai, Y. M. Chang, Y. M. Lim, S. K. Cheong, I F. Chung, and Chee-Yin Wong, 2022, September, “Generating Transcriptional Regulatory Networks from Time-ordered Stem Cell Differentiation RNA Sequencing Data,” STAR Protocol, 3(3):101541. Y. C. Lo#, I F. Chung#, S. N. Guo, M. C. Wen, and C. F. Juang, 2020, October, “Cycle-Consistent GAN-based Stain Translation of Renal Pathology Images with Glomerulus Detection Application,” Applied Soft Computing, https://doi.org/10.1016/j.asoc.2020.106822 (#: equal contribution) Y. W. Lee, M. Chen, […]
人體是非常複雜的系統，舉例來說，同樣是得肺腺癌的病人，有的人用某些藥物治療會有很好的療效，有的卻毫無反應；有的人腫瘤會轉移到腦部，有的人雖然會轉移，卻轉移到腦以外的其他器官。有鑑於此，我的實驗室的研究方向聚焦於生醫數據分析與人工智慧之臨床應用、轉譯生物資訊與系統生物學。我們分析各式各樣的生醫數據，尤其是次世代定序所產生的基因體及轉錄體等體學(omics)資料，希望藉由資料探勘、機器學習等生醫資訊方法探討造成不同表現型背後的差異，並藉由這些基因、蛋白質等分子層次的差異（基因突變、基因表現量、DNA甲基化等差異）建構預測或分類模型，協助臨床醫師進行更細微的病人分群，以期可以達到精準醫學的應用及實踐。因此我們與臨床醫師及生物學家進行很多跨領域的合作，以系統生物學及資料科學的角度，系統化的探討疾病的致病機制並鑑別診斷性及預測性生物標記。近期研究主題著重於利用多體學分析探索具有潛力的免疫檢查點抑制劑預測生物標記，希望鑑別出的預測生物標記可以協助醫師進行臨床決策，此外也希望經由顯著的基因及臨床特徵的鑑別可以讓我們解析腫瘤、免疫系統及腫瘤微環境的複雜交互作用，對於癌症的機轉有更深一層的理解。 研究領域： 生醫數據分析與人工智慧之臨床應用、轉譯生物資訊、系統生物學 學歷： 國立清華大學電機博士 國立清華大學電機學士 經歷： 國立陽明交通大學生物醫學資訊研究所副教授 國立陽明大學生物醫學資訊研究所副教授 國立陽明大學生物醫學資訊研究所助理教授 國立清華大學博士後研究 專長： 系統生物學及Omics資料分析 生物資訊學 計算生物學 研究成果： Yeh YC, Lei HJ, Chen MH, Ho HL, Chiu LY, Li CP, Wang YC, “C-reactive protein (CRP) is a promising diagnostic immunohistochemical marker for intrahepatic cholangiocarcinoma and is associated with better prognosis” American Journal of Surgical Pathology, 41(12):1630-1641, 2017. Lyu GY, Yeh YH, Yeh YC, Wang YC, “Mutation load estimation model as a predictor of the response to cancer immunotherapy” npj Genomic Medicine, 3:12, 2018. Yeh YC, Ho HL, Wu YC, Pan CC, Wang YC, Chou TY, “AKT1 internal tandem duplications and point mutations […]
專家簡介:王禹超
林振慶老師實驗室主要進行計算及網路生物學研究。研究方向為利用計算機科學技術結合數學理論去發展方法，例如:發展機器學習演算法去找出cancer hallmark genes; 另外，林老師除了發展方法外，也將這些方法應用在網路生物學上，透過結合癌症生物學的知識來探討癌症發展的複雜機制，例如:利用基因調控網路找出癌細胞如何逃避細胞凋亡的機制和發展免疫編輯來躲過免疫系統的監控和攻擊。 研究領域： Computational Biology, Precision Medicine, Bioinformatics, and Systems Biology 學歷： 國立台灣大學生醫電子與資訊研究所博士 國立陽明大學生物醫學資訊研究所碩士 經歷： The Department of Ecology & Evolution, University of Chicago; Genomic Research Center, Academia Sinica. 博士後研究 Department of Biomedical Informatics, Vanderbilt University. 博士後研究 Institute of Biomedical Informatics, National Yang-Ming University. 助理教授 專長： Biological network analysis Transcriptomics data analysis Data science and machine learning 研究成果： Le Duc, D., Velluva, A., Cassatt-Johnstone, M., Olsen, R.A., Baleka, S., Lin, C.C., Lemke, J.R., Southon, J.R., Burdin, A., Wang, M.S., et al. (2022). Genomic basis for skin phenotype and cold adaptation in the extinct Steller’s sea cow. Sci Adv […]
專家簡介:林振慶
蔡毓舜博士具備生命科學背景與實驗室訓練，於核心擔任多年生資經理，提供多樣高通量數據之生物資訊分析服務；也具有大型生醫資料庫數據分析經驗（如 TCGA、Taiwan Biobank）。 研究領域： 找尋人類遺傳性疾病之致病基因 學歷： 國立陽明大學生物醫學資訊所博士 東吳大學微生物學學士 經歷： 國立陽明大學系統與合成生物學中心博士後 研究成果： Fang SY, Chou YT, Hsu KC, Hsu SL, Yu KW, Tsai YS, Liao YC, Tsai PC, Lee YC. Clinical and genetic characterization of NIPA1 mutations in a Taiwanese cohort with hereditary spastic paraplegia. Ann Clin Transl Neurol. 2023 Mar; 10(3):353-362. Chao HC, Hsiao CT, Lai KL, Tsai YS, Lin KP, Liao YC, Lee YC. Clinical and genetic characterization of NEFL-related neuropathy in Taiwan. J Formos Med Assoc. 2023 Feb; 122(2):132-138. Lee YH, Lee YC, Tsai YS, Yang UC, Cheng TH, Chern Y, Soong BW. Reply to: “Low Frequency of […]
專家簡介:蔡毓舜
具備多年的實驗室經驗，致力於探討基因表達變化及蛋白質功能對於個體肥胖及代謝之影響。目前於腫瘤惡化卓越研究中心主要研究內容以大腸直腸癌細胞為基礎，從體外研究進一步拓展至體內，以小鼠為模型並與臨床研究結合致力於尋找大腸直腸癌致病之機轉。 研究領域： Cell and Molecular Biology, Microscopy 學歷： 國立陽明大學生醫光電所碩士 國立陽明交通大學生醫光電所博士 經歷： 國立陽明交通大學 腫瘤惡化卓越研究中心 博士後研究員 （2022~迄今） 專長： 分子生物相關實驗操作 體外細胞培養及其相關實驗操作 小鼠模型建立及小鼠相關實驗操作 組織石蠟及冷凍切片技術 組織染色( H&E、免疫組織化學(immunohistochemistry, IHC)、免疫螢光(immunofluorescence, IF) 顯微鏡技術 研究成果： Wu, S., Lin, C. (2023). Direct Adeno-associated Viruses Injection of Murine Adipose Tissue. Bio-protocol. Wu, S., Lo, Y., Lee, J., Chen,C., Chen,T., Liu, H., Lian, W., Hua, K, Liao, C., Lin, W., Yang, C., Tung, C.& Lin, C. (2022).Stomatin modulates adipogenesis through the ERK pathway and regulates fatty acid uptake and lipid droplet growth. Nature Communications. Lee, J., Hsieh, C., Liu, H., Chen, C., Wu, S., & Chen, T. et al. (2017). Lipid raft–associated […]
專家簡介:吳韶芩
林伯涵博士具有生理學專業背景、疾病小鼠動物模型及生化分子實驗技術。研究主要以高通量臨床醫學數據平台、單細胞定序及多項多體學定序分析並結合基礎實驗分析驗證，專注於解決臨床癌症細胞生物學問題。 研究領域： 以高通量多體學分析探討癌症細胞生理學及分子機轉 學歷： 國立陽明交通大學生理所博士 經歷： 國立陽明交通大學臨床醫學研究所 博士後研究 台北醫學大學保健營養學系 博士後研究 專長： 基因體、表現體定序數據分析 多體學檢體樣本製備 研究成果： Han-Ying Cheng, Chia-Hsin Hsieh, Po-Han Lin, Yu-Tung Chen, Dennis Shin-Shian Hsu, Shyh-Kuan Tai, Pen-Yuan Chu, Muh-Hwa Yang. Snail-regulated exosomal microRNA-21 suppresses NLRP3 inflammasome activity to enhance cisplatin resistance. J Immunother Cancer. 2022 Aug;10(8):e004832. doi: 10.1136/jitc-2022-004832. [Impact factor: 12.487, IMMUNOLOGY, ranking: 11.2%] Ko-Chieh Huang, Yi-Fen Chiang, Tsui-Chin Huang, Hsin-Yuan Chen, Po-Han Lin, Mohamed Ali, Shih-Min Hsia. Capsaicin alleviates cisplatin-induced muscle loss and atrophy in vitro and in vivo. J Cachexia Sarcopenia Muscle. 2023 Feb;14(1):182-197. doi: 10.1002/jcsm.13120. Epub 2022 Nov 18. [Impact factor: 12.063, GERIATRICS & GERONTOLOGY, ranking […]
專家簡介:林伯涵
張耀文 助理研究員 博士具備醫學檢驗相關背景與國外實驗室訓練，專精於小鼠癌症模式與冷螢光影像系統分析建立，兼具豐富免疫細胞分析與相關抗體藥物治療經驗，可提供臨床前實驗設計與影像分析諮詢與建議， 歡迎預約討論與洽談合作。 研究領域： 小鼠癌模式系統建立與影像分析、腫瘤治療免疫分析、小分子與蛋白藥物開發療效評估、抗凝血與發炎藥物開發 學歷： 長庚大學生物醫學研究所博士 經歷： 國立陽明交通大學 助理研究員 國立陽明交通大學 臨床醫學研究所 博士後 日本東北大學 醫學部 先進治療與轉譯研究中心 研究員 日本東北大學 醫學部 抗體創藥分野 產官學研究員 長庚大學生物醫學研究所博士後 專長： 小鼠活體影像分析與癌症模式建立（IVIS, animal model） 腫瘤免疫治療與細胞分析（Immunotherapy & Immune cell analysis） 抗凝血/發炎藥物開發（療效評估與臨床前動物測試） 證照： 輻射操作安全證書 研究成果： Chang YW, Hsiao HW, Chen JP, Tzeng SF, Tsai CH, Wu CY, Hsieh HH, Carmona. SJ, Andreatta M, Conza GD, Su MT, Koni PA, Ho PC, Chen HK, Yang MH. A CSF-1R-blocking antibody/IL-10 fusion protein increases anti-tumor immunity by effectuating tumor-resident CD8+ T cells. (2023) Cell Reports Medicine Chung CH, Lin CY, Chen CY, Hsueh CW, Chang YW, Wang CC, Chu PY, Tai SK, […]
專家簡介:張耀文
鍾志宏博士具備生命科學背景與分子生物實驗室訓練，專長於結合臨床問題與基礎研究科學研究的轉譯醫學研究。 研究領域： 臨床頭頸癌癌症轉移分子生物研究 學歷： 國立陽明交通大學中研院國際研究生分子醫學博士學位學程博士 國立陽明大學生化暨分子生物研究所碩士 經歷： 國立陽明大學臨床醫學研究所博士後 專長： 分子生物技術與腫瘤小鼠模型（PDX, Immune cell profiling） 轉錄體定序數據分析 (Single cell RNAseq） 空間轉錄體RNA分析 (10x VISIUM) 高通量螢光臨床檢體表現分析 (Vectra Polariss) 研究成果： Chih-Hung Chung, Chun-Yu Lin, Chih-Yu Chen, Chun-Wei Hsueh, Pen-Yuan Chu, Shyh-Kuan Tai and Muh-Hwa Yang Ferroptosis signature shapes the immune profiles to enhance the response to immune checkpoint inhibitors in head and neck cancer Advanced Science (2023) doi:10.1002/advs.202204514 Da-Liang Ou, Chia-Wei Chen, Chia-Lang Hs, Chih-Hung Chung, Zi-Rui Feng, Bin-Shyun Lee, Ann-Lii Cheng, Muh-Hwa Yang,Chiun Hsu Regorafenib enhances antitumor immunity via inhibition of p38 kinase/Creb1/Klf4 axis in tumor-associated macrophages J Immunother Cancer (2021) DOI: 10.1136/jitc-2020-001657 Lin SC, […]