Doc_ID: A15-0001Editor : AnitaReviewer : Conda version : 4.10.3 Conda channel : Software Conda command Version Remark picrust2 conda create -y -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2=2.3.0_b picrust2=2.3.0_b 下載設置檔 : qiime2_env_installer.sh (相關說明請看下方文件) Step 1: Install Conda management program 要建立GAPC2的分析環境前，須先確認User在台灣杉主機下的家目錄(/home/uN/UserName)是否已經有安裝conda management program，相關設置步驟可參閱標準分析環境建置。 Step 2: Create GAPC2 standard analysis environment 我們將conda分析環境，與其所需要的相依套件及軟體版本，包裝成一個標準分析環境 qiime2_env_installer.sh程式供使用者安裝。目前公開的標準分析環境請參考本站列表，使用者可以從GA bundle取用所需模組進行分析。 有關GAPC2標準分析環境建置程序，請依下列步驟完成 : #移動到使用者家目錄cd ~ #conda環境名稱可以由-p參數進行設定(若沒設定會預設為picrust2)#此環境是與GAQM2標準分析環境一起建置的，所以執行建置GAQM2同樣的指令即可bash GA_bundle/Installer/qiime2_env_installer.sh # To activate this environment, useconda activate picrust2
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Doc_ID: A14-0002Editor : AnitaReviewer : Conda version : 4.10.3 Conda channel : Software Conda command Version Remark qiime2 conda env create -n qiime2 –file qiime2-2021.8-py38-linux-conda.yml qiime2-2021.8-py38-linux-conda.yml 官方的設置檔 下載設置檔 : qiime2_env_installer.sh (相關說明請看下方文件) Step 1: Install Conda management program 要建立GAQM2的分析環境前，須先確認User在台灣杉主機下的家目錄(/home/uN/UserName)是否已經有安裝conda management program，相關設置步驟可參閱標準分析環境建置 。 Step 2: Create GAQM2 standard analysis environment 我們將conda分析環境，與其所需要的相依套件及軟體版本，包裝成一個標準分析環境 qiime2_env_installer.sh程式供使用者安裝。目前公開的標準分析環境請參考本站列表，使用者可以從GA bundle取用所需模組進行分析。 有關GAQM2標準分析環境建置程序，請依下列步驟完成 : #移動到使用者家目錄cd ~ #conda環境名稱可以由-p參數進行設定(若沒設定會預設為qiime2)bash GA_bundle/Installer/qiime2_env_installer.sh #確認是否建置成功(檢查conda環境列表)conda env list # To activate this environment, useconda activate qiime2
GAQM20002
Doc_ID: Editor: AngelaReviewer: Software Conda command Version Remark bowtie conda install bowtie bowtie=1.2.3 bowtie2 conda install bowtie2 bowtie2=2.4.1 bwa conda install bwa bwa=0.7.17 bcftools conda install -c bioconda bcftools bcftools=1.10.2 bedtools conda install bedtools bedtools=2.29.2 cnvkit conda install cnvkit cnvkit=0.9.7 delly conda install delly delly=0.8.3 edger conda install -c bioconda bioconductor-edger edger=3.30.0 fastp conda install fastp fastp=0.20.1 fastqc conda install fastqc fastqc=0.11.9 gatk4 conda install gatk4 gatk4=4.1.8.1 igv conda install -c bioconda igv igv=2.4.9 multiqc conda install multiqc multiqc=1.9 picard conda install picard picard=2.23.4 hisat2 conda install hisat2 […]